Salah satu cara untuk mengatasi bayi yang alergi terhadap protein susu sapi adalah dengan mengganti susu formulanya dengan susu kedelai (soybean milk). Susu formula dengan bahan dasar kedelai mengandung protein-protein yang banyak ditemukan dalam kedelai. Selain itu, beberapa vitamin dan mineral yang terdapat dalam susu sapi juga dapat ditemukan dalam susu kedelai, sehingga nilai nutrisi dari kedua jenis susu tersebut adalah sama. Diketahui bahwa hanya 8 hingga 15% bayi yang menderita alergi susu sapi akan mengalami reaksi kurang cocok terhadap konsumsi susu kedelai.
Jika susu formula bayi sudah diganti dengan susu kedelai, namun gejala alerginya tetap belum berhenti, bayi biasanya disarankan untuk diberikan susu formula hypoallergenic. Protein dalam susu formula hypoallergenic telah diberi perlakuan tertentu sehingga dapat mengurangi reaksi tubuh terhadap terjadinya reaksi alergi. Kira-kira setengah dari total seluruh bayi yang mengalami reaksi alergi terhadap susu sapi maupun susu kedelai, direkomendasikan untuk mengonsumsi susu hypoallergenic. Namun, harga susu hypoallergenic dapat mencapai tiga kali lipat dibandingkan harga susu sapi maupun susu kedelai.
Pemberian susu hypoallergenic biasanya diteruskan hingga dua bulan atau akhir tahun pertama pemberian. Kemudian secara bertahap, bayi dapat dikenalkan dengan pemberian formula susu sapi. Jika si buah hati masih tetap menunjukkan gejala alergi terhadap protein susu sapi, maka pemberian susu sapi sebaiknya diberikan setiap 3 hingga 6 bulan. Namun, pemberian susu hypoallergenic untuk bayi yang menderita alergi sebaiknya direkomendasikan lebih dulu ke dokter anak.