Penggunaan ntibiotik digunakan bila terkena infeksi oleh kuman. Kadang infeksi terjadi bersama makanan dan minuman, lewat udara napas memasuki paru-paru, lewat luka renik di kulit, melalui hubungan kelamin, atau masuk melalui aliran darah, lalu kuman menuju organ yang disukainya untuk bersarang.
Gejala umum tubuh terinfeksi biasanya disertai suhu badan meninggi, demam, nyeri kepala, dan nyeri. Infeksi di kulit menimbulkan reaksi merah meradang, bengkak, panas, dan nyeri. Contohnya bisul. Di usus : bergejala mulas, mencret. Di saluran napas : batuk, nyeri tenggorok, atau sesak napas. Di otak : nyeri kepala. Di ginjal : banyak berkemih, kencing merah atau seperti susu.
Namun, gejala suhu tubuh meninggi, demam, nyeri kepala, dan nyeri, bisa juga bukan disebabkan oleh kuman, melainkan infeksi oleh virus atau parasit. Dari keluhan, gejala dan tanda, dokter dapat mengenali apakah infeksi disebabkan oleh kuman, virus, atau parasit.
Penyakit yang disebabkan bukan oleh kuman tidak mempan diobati dengan antibiotik. Untuk virus diberi antivirus, dan untuk parasit diberi antinya, seperti antimalaria, antijamur, dan anticacing. Jika infeksi oleh jenis kuman yang spesifik, biasanya dokter langsung memberikan antibiotik yang sesuai dengan kuman penyebabnya. Misal bisul di kulit, tetanus, difteria, tipus, atau infeksi mata merah.
Untuk infeksi yang meragukan, diperlukan pemeriksaan khusus untuk memastikan jenis kuman penyebabnya. Caranya dengan melakukan pembiakan (kultur) kuman. Bahan biakannya diambil dari darah atau air liur, dahak, urine, tinja, cairan otak, nanah kemaluan, atau kerokan kulit.
Dengan biakan kuman, selain menemukan jenis kumannya, dapat langsung diperiksa pula jenis antibiotik yang cocok untuk menumpasnya (tes resistensi). Dengan demikian, pengobatan infeksinya lebih tepat. Jika tidak dilakukan tes resistensi, bisa jadi antibiotik yang dianggap mampu sudah tidak mempan, sebab kumannya sudah kebal terhadap jenis antibiotik yang dianggap ampuh tersebut.