Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) dan Badan Pangan Dunia (FAO) pernah merekomendasikan pemeriksaan cemaran Enterobacter Sakazakii pada susu formula tahun 2005 karena sebelumnya ada laporan kejadian diare pada balita yang mengonsumsi susu tercemar Enterobacter di Jepang.
Di Indonesia sendiri hingga kini belum ditemukan kejadian diare pada balita yang disebabkan oleh Enterobacter sakazakii. Di Indonesia, penyebab utamanya adalah Salmonella dan E.colli. Hingga kini, E.Sakazakii baru diketahui terkait dengan kejadian diare pada balita, namun belum ada bukti ilmiah yang menunjukkan hubungannya dengan kejadian penyakit lain.
Pada pertemuan mengenai Enterobacter Sakazakii dan mikroorganisme lain dalam susu bubuk formula bayi tahun 2004, para ahli WHO dan FAO menyebutkan data tentang industri makanan dan otoritas pengawas nasional menunjukkan bahwa Salmonella jarang ditemukan pada produk susu bubuk formula dan E. Sakazakii justru lebih banyak ditemukan di lingkungan pabrik dibandingkan Salmonella.
Kedua lembaga internasional itu mengeluarkan beberapa rekomendasi terkait pencegahan pencemaran E.sakazakii karena meski informasi mengenai ekologi, taksonomi, keganasan dan karakteristik lain dari E. Sakazakii sangat terbatas, namun sesedikit apapun keberadaan mikroorganisme itu dinilai berisiko bisa membahayakan kesehatan bayi dan balita.
Dengan pertimbangan bahwa produk susu formula bayi mudah tercemar patogen, dan E. Sakazakii adalah patogen yang sering muncul dan membahayakan kesehatan, maka para ahli dari kedua lembaga internasional itu merekomendasikan agar setiap produk susu formula dilengkapi dengan informasi jelas mengenai tata cara penyiapan, penggunaan dan penyimpanannya.
Pemerintah juga diminta mendorong produsen makanan bayi untuk meningkatkan kisaran steril pada produknya, menekan konsentrasi dan prevalensi E.Sakazakii di lingkungan pabrik, menerapkan sistem pengawasan lingkungan yang ketat dan efektif serta menggunakan pemeriksaan Enterobacteriaceae sebagai salah satu indikator pengontrolan hygiene dalam alur produksi di pabrik.